Muzeum je umístěno v jedné z dominantních budov v historickém jádru města. Tento masivní objekt se tyčí ve svahu nad řekou Vltavou a tvoří výrazný kontrapunkt k starobylému Hrádku (Zámek č. p. 59 - Hrádek) s kulatou zámeckou věží (Zámek č. p. 59 - Zámecká věž) na druhém břehu řeky. Poznávacím znamením budovy je její raně barokní průčelí obrácené směrem k městu a tři řady prosklených arkád v přízemí a obou patrech budovy, na straně do Horní ulice.
Jde o první význačnou barokní stavbu v Českém Krumlově, vystavěnou v letech 1650 až 1652 na místě šesti měšťanských domů. Na místě dalších zbouraných domů v sousedství vznikla proluka se zarovnaným terénem, opřená o vysokou kamennou zeď vystavěnou v roce 1657. Tento prostor byl příslušenstvím jezuitského gymnázia i pozdějších škol a sloužil k oddechu, studiu a později též jako sportoviště. (V současné době je většina prostoru využita jako parkoviště hotelu Růže.) Budova byla vystavěna pro potřeby jezuitského řádu, kterému sloužila jako seminář (gymnázium). Po zrušení jezuitského řádu zde působily různé typy německých škol a krátce po roce 1945 též školy české. Od roku 1946 byl objekt určen nejdříve pro archivní a muzejní účely, později byl celý využit pro muzeum. V letech 1970 - 1979 budova prošla náročnou rekonstrukcí. Mezi úspěšné stavební zásahy z té doby lze zařadit odkrytí trámových stropů ve druhém poschodí, obnovu barokních štukových stropů s ornamentální výzdobou v prvním patře a přízemí nebo opětovné otevření barokních arkád ve všech patrech objektu. Budova je zapsána v seznamu památkových objektů. Do 31. 12. 2002 bylo jako Okresní vlastivědné muzeum zřizováno Českou republikou - okresním úřadem v Českém Krumlově, od 1. 1. 2003 přešlo v rámci reformy státní správy jako Regionální muzeum do vlastnictví Jihočeského kraje.
Pobočkou muzea je Památník Adalberta Stiftera v Horní Plané.
Historický obraz Českokrumlovska od pravěku do konce 19. století: Archeologie – historie – řemesla – umění – národopis – spolky atd. Unikátní keramický model Českého Krumlova 1:200, barokní „jezuitská“ lékárna, nově restaurované historické zbraně a zbroj a další zajímavé exponáty. Regionální muzeum v současnosti spravuje 22 tis. evidovaných položek sbírkového fondu, tj. takřka 34 tis. sbírkových předmětů. Muzejní knihovna obnáší na 5 tis. knihovních jednotek, z toho více než 1/5 sbírkového charakteru.
Otevřeno celoročně 9.00-12.00, 12.30-17.00 hod.
300 m u čerpací stanice AGIP na Horní Bráně 150 m u Městského divadla v Českém Krumlově na Horní Bráně 50 m u hotelu Růže Český Krumlov (pouze pro hosty hotelu) v Horní ulici